Почему Иоанн Креститель сомневался в темнице, что Иисус Спаситель?

Вы ошибаетесь, св. Иоанн Предтеча ничуть не сомневался в том, что Иисус Христос и есть Тот Мессия, о Котором ему сказал Сам Бог с неба в день Богоявления.

На это указывает, в частности, вопрос Спасителя к слушателям после ухода учеников Иоанновых: «что́ смотреть ходили вы в пустыню? трость ли, ветром колеблемую?» (Мф.11:7). Объясняя эти слова, свт. Иоанн Златоуст говорит:

«Для учеников Иоанновых Спаситель сделал, что нужно было сделать, и они возвратились, уверившись (в том, что Он есть Мессия) посредством чудес, совершенных пред ними. Теперь надлежало подать нужное врачество и народу... Многие могли рассуждать и говорить так: тот, который с такою силою свидетельствовал о Иисусе, ныне переменил мысли свои и сомневается – Этот ли или другой есть Грядущий?... Вот почему Спаситель и не укоряет их, а только исправляет их мысли и защищает Иоанна, показывая, что он не оставил и не переменил прежнего своего мнения, что он человек не легкомысленный и переменчивый, но твердый и постоянный, и не может во вверенном ему быть неверен... почему и говорит: чесо изыдосте в пустыню видети?...

«Чтобы не сказали: что-же, если он прежде был таков, а ныне переменился? – Спаситель приводит дальнейшие доказательства – указывает на его одежду, темницу, и наряду с этим приводит и пророчество. Сказав, что он больше пророка, показывает далее и причину, почему больше. Итак, почему же? По причине близости своей к Пришедшему. Послю, говорится, Ангела Моего, пред лицем Твоим... Но и здесь не останавливается, а приводит и Свое мнение, говоря: аминь, глаголю вам, не возста в рожденных женами болий Иоанна Крестителя».

Вообще это мнение о слабости и колебаниях Предтечи появилось в церковной среде достаточно недавно. Например, его обосновывал прот. Сергий Булгаков, известный философ и апологет еретического учения о Софии как четвертой ипостаси Троицы. Ответил ему свт. Серафим (Соболев) в небольшой, но убедительной брошюре, целиком посвященной этому вопросу. Советую Вам ее внимательно прочитать, чтобы отказаться не только от озвученного Вами ошибочного суждения, но и от других подобных.

Апологеты данного мнения утверждают, в частности, что в св. Предтече таким образом проявило себя действие первородного греха, а Господь его оставил. Свт. Серафим так отвечает им:

Что касается общих законов духовной жизни, то мы должны сказать, что Бог посылает подвизающимся в духовной жизни разного рода испытания и искушения, чтобы смирить человека и чрез смирение даровать ему благодать Св. Духа к очищению сердца от страстей и блаженному единению со Христом. В этих целях Господь посылает Своим рабам и богооставленность. Св. отцы говорят, что богооставленность бывает в начале подвига. Сначала Господь дает Своему подвижнику испытать действия благодати Св. Духа, а потом благодать сия отходит, и подвижник предоставляется своим собственным силам, чтобы и своею собственною волею навык в борьбе со страстями, познал свою немощь и ценил благодать Св. Духа и Его Божественные дарования. Когда мать оставляет своего младенца одного, последний чувствует свое полное безсилие, плачет и кричит, простирая руки свои к матери. Она делает это, чтобы дитя, чувствуя свою немощь, еще более прилепилось к ней своею любовью.

Сомнение же в вере - это один из видов гордости, которой никак не могло быть у большего среди рожденных женами и укрепленного Божией благодатью Предтечи. Поэтому свт. Серафим ясно говорит:

Таким образом, духовная жизнь, как ее представляют по собственному своему опыту св. отцы, не только не может уяснить необходимости сомнения в вере Предтечи, но решительно не допускает и отрицает ее.

Однако еще раз посоветую Вас целиком прочитать всю книжку.