О про­ис­хож­де­нии и ран­них го­дах его жиз­ни све­де­ний не со­хра­ни­лось. На­чал он свои по­дви­ги в Москве (ве­ро­ят­но, что юрод­ство­вал, под­ра­жая бла­жен­но­му Ва­си­лию Мос­ков­ско­му), за­тем пе­ре­шел в Ко­стром­ской Воз­дви­жен­ский мо­на­стырь, где, при­няв мо­на­ше­ский по­стриг, про­жил 13 лет. Еще при жиз­ни свя­той про­сла­вил­ся чу­до­тво­ре­ни­я­ми.

Од­на­жды пре­по­доб­ный Фе­ра­понт явил­ся во сне двум ино­кам Пав­ло-Об­нор­ско­го мо­на­сты­ря, Па­ф­ну­тию и Ан­дри­а­ну, и по­ве­лел ос­но­вать оби­тель на бе­ре­гу ре­ки Мон­зы (близ Со­ли­га­ли­ча). Из­бе­гая сла­вы че­ло­ве­че­ской, пре­по­доб­ный уда­лил­ся из Воз­дви­жен­ско­го мо­на­сты­ря и неко­то­рое вре­мя жил от­шель­ни­ком. Ко­гда мо­на­стырь на ре­ке Мон­зе был по­стро­ен стар­цем Ан­дри­а­ном, пре­по­доб­ный про­сла­вил его дву­мя чу­де­са­ми: явив­шись во сне ры­ба­ку из Со­ли­га­ли­ча и куз­не­цу из Буя, у ко­то­рых бо­ле­ли сы­но­вья, он пред­ска­зал, что де­ти их ис­це­лят­ся в но­во­устро­ен­ном Бла­го­ве­щен­ском мо­на­сты­ре на ре­ке Мон­зе. И, дей­стви­тель­но, при­ве­зен­ные в мо­на­стырь, оба юно­ши ис­це­ли­лись.

Через неко­то­рое вре­мя пре­по­доб­ный Фе­ра­понт сам при­шел в Бла­го­ве­щен­скую оби­тель и про­сил игу­ме­на, стар­ца Ан­дри­а­на, стать его ду­хов­ным от­цом. Во вре­мя ис­по­ве­ди Ан­дри­ан был по­тря­сен ду­шев­ной чи­сто­той пре­по­доб­но­го, си­лой его ве­ры. Два го­да пре­бы­ва­ния пре­по­доб­но­го Фе­ра­пон­та в Мон­зен­ском мо­на­сты­ре бы­ли вре­ме­нем ве­ли­ко­го сми­ре­ния, кро­то­сти и ас­ке­ти­че­ских по­дви­гов. Бла­го­ве­щен­ский мо­на­стырь был все­гда до­рог пре­по­доб­но­му: он чу­дес­но со­дей­ство­вал его устро­е­нию и пе­ре­не­се­нию на но­вое ме­сто, за­щи­щал от недоб­ро­же­ла­те­лей, чу­дес­но изыс­ки­вал сред­ства для его со­дер­жа­ния.

Пре­дузнав день сво­ей кон­чи­ны, свя­той про­стил­ся с бра­ти­ей и мир­но по­чил 12 де­каб­ря 1597 г. Пе­ред смер­тью он очень про­сил, чтобы ему, уже умер­ше­му, да­ли Бо­го­яв­лен­ской свя­той во­ды. Ис­пол­няя во­лю по­чив­ше­го, ему да­ли свя­той во­ды, и он про­гло­тил ее. В ле­то­пи­си мо­на­сты­ря опи­са­ны мно­го­чис­лен­ные ис­це­ле­ния, про­ис­хо­див­шие у гро­ба пре­по­доб­но­го. Од­на­жды свя­той спас су­да от ги­бе­ли при про­хож­де­нии через по­ро­ги на ре­ке Ко­стро­ме, пря­мо про­тив Бла­го­ве­щен­ско­го мо­на­сты­ря, при­чем неко­то­рые ви­де­ли бла­го­леп­но­го стар­ца, са­див­ше­го­ся на кор­му каж­до­го стру­га и пра­вив­ше­го в опас­ном ме­сте. Так­же, явив­шись во сне игу­ме­ну мо­на­сты­ря, пре­по­доб­ный пред­ска­зал го­лод 1601 го­да и по­ве­лел за­па­сти боль­ше хле­ба.

Через 20 лет по­сле кон­чи­ны пре­по­доб­но­го бы­ли об­ре­те­ны его нетлен­ные мо­щи, при­чем да­же ри­зы бы­ли це­лы­ми.