Павел Александрович Юнгеров родился в Самарской губернии, в семье священника, впоследствии прославленного как местночтимый святой под именем Александра Чагринского (почитаемого Церковью в Соборе Самарских святых).

Учился в Самарской духовной семинарии, завершив курс, поступил в Казанскую духовную академию, которую окончил в 1879 году (тема диссертации: «История и значение пророческого служения в иудейском народе»). Преподавал там же. Позже получил степень магистра (тема диссертации: «Учение Ветхого Завета о бессмертии души и загробной жизни»).

В 1888 году, несмотря на стесненное материальное положение, изучал библейскую археологию и древнееврейский язык на Востоке; в 1889 слушал лекции протестантских библеистов в университетах Берлина и Лейпцига.

Доктор наук (1897), за труд: "Книга пророка Амоса: введение, перевод и объяснение". Почетный гражданин России (1913).

Известен как переводчик Ветхого Завета на русский язык; в своей работе основывался на Септуагинте, лишь во вторую очередь обращаясь к масоретскому тексту и церковно-славянскому переводу. Труды Юнгерова по переводу Священного Писания проф. Глубоковский назвал «великим научно-церковным подвигом».

В голодный 1921 год был вывезен родственниками из Казани в Балаково, где и скончался (датой смерти называется в разных источниках 1921 или 1922).